Este error puede darse por dos motivos:

1) Se generó un certificado con un nuevo alias, el cual no está asociado correctamente.

2) El certificado actualizado no es el del alias correcto y falta asociarlo.

Para hacer esto primero corroboramos el nombre de nuestro certificado digital como se ve en el apartado anterior

Luego accedemos al sitio web de AFIP con clave fiscal y vamos a la opción Administrador de relaciones de clave fiscal

(puede verse distinto al ingresar al sitio de AFIP)

Apretamos en Nueva Relación

Apretamos Buscar

Apretamos en el logo de AFIP que nos desplegará unas opciones y ahí apretamos donde dice WebServices

Y buscamos Facturación Electrónica

En donde dice Representante apretamos Buscar

Buscamos en el desplegable nuestro ALIAS y apretamos Confirmar

Apretamos nuevamente el botón de Confirmar

 y si salió todo bien AFIP nos debería mostrar un cartel así